Dari cerita-cerita lisan itu diyakini bahwa Desa Bener termasuk salah satu desa yang keberadaanya sudah cukup tua. Desa Bener diperkirakan sudah ada sejak Tahun 1905
Perlu kami sampikan bahwa asal usul atau sejarah Desa Bener tidak ada bukti tertulis namun hanya cerita orang dulu dari mulut kemulut yang mungkin dapat dipercaya. Dari cerita itulah yang kami peroleh bahwa nama Desa Bener di ambil dari kata Cibener, Cibener itu sendiri merupakan sebuah kali yang sampai saat sekarang masih, yang berlokasi di Dusun Simbar. Desa Bener itu sendiri terdiri dari beberapa Dusun antara lain : Dusun Glewang, Dusun Kubang, Dusun Klapanunggal, Dusun Cilomajang, Dusun Kutangsa, Dusun Dawuan, Dusun Simbar. Dari semua Dusun tersebut sejarahnya dapat kami ceritakan satu persatu karena asal usul sejarahnya telah kami dapatkan.
- Dusun Glewang
Dusun Glewang menurut cerita terdahulu bahwa disuatu ada seseorang yang bepergian dengan mengendarai kuda. Orang tersebut melewati sebuah bukit kalau dalam bahasa sunda orang menyebutnya pasir.Pada waktu sedang melakukan perjalanan kuda tersebut terpeleset atau sehingga orang yang naik kuda tersebut ikut jatuh, kalau dalam bahasa sunda disebutnya tikosewang kemudian ada orang bilang gle wang kalau dalam bahas aindonesia gele itu injak. Maka jadilah nama Glewang.
- Dusun Kubang
Menurut cerita bahwa nama Dusun Kubang diambil dari kata kubangan / kolam, kebetulan kolam tersebut memiliki mata air sendiri sehingga musim kemarau panjangpun tidak kekeringan. Dan menurut cerita, kubangan tersebut pada waktu dulunya oleh para gembala kerbau digunakan untuk minum ternaknya. Sehingga kerbau yang sedang digembala dari daerah manapaun bila ingin minum datang ke kubangan tersbut. Maka kemudian grumbul tersebut diberi nama Dusun Kubang.
- Dusun Klapanunggal
Cerita yang kami dapatkan bahwa di grumbul tersebut asal mulanya hanya ada satu pohon kelapa. Jadi yang dimaksud klapanunggal adalah asal dari kata klapa yaitu pohon klapa sedangkan nunggal berarti satu. Maka Dusun itu diberi nama Dusun Klapanunggal.
- Dusun Cilomajang
Dusun ini merupakan dusun pecahan dari Dusun Klapanunggal. Pemberian nama tersebut merupakan hasil musyawarah para tokoh masyarakat. Darihasil musyawarah tersebut diperoleh kesimpulan bahwa grumbul tersebut di beri nama Cilomajang. Cilomajang itu sendiri di ambil dari nama kali yang ada di Dusun itu.
- Dusun Kutangsa
Dusun kutangsa diambil dari nama kali ( lebak ). Tepat nya di sebelah atas kedung kuta sungai Cijalu terdapat kali Kutagangsa, tempat tersebut dipakai orang-orang untuk mandi dan mencuci pakaian. Kemudian orang-orang yang berada disekitar kali Kutaganga tersebut memberi nama Kutangsa. Sehingga sampai saat sekarang Dusun tersebut di beri nama Dusun Kutangsa.
- Dusun Dawuan
Dusun Dawuan merupakan wilayah dari pecahan dari Dusun Bener yang sekarang menjadi Dusun Simbar. Kata Dawuan di ambil dari nama bendungan Kali Ciceuleung yang bernama bendungan dawuan.
- Dusun Simbar
Dusun ini sebelumnya adalah bernama Dusun Bener, mengingat nama Bener di pakai nama Desa maka nama Dusun ini di rubah menjadi nama Dusun Simbar. Kata simbar di ambil dari nama makam Embah simbar, yaitu makam se orang tokoh yang menurut cerita orang tersebut punya kesaktian dan meninggal kemudian dimakamkan di Desa Bener.
Setelah digabung / di blengket, gabungan dari tujuh Dusun itu menjadi Desa Bener. Seiring perjalanan waktu Desi Bener telah mengalami beberapa kali pergantian Lurah atau Kepala Desa yang dapat kami tulis disini adalah :
- Lurah ki BUBAR ( Tahun 1905 – 1910 )
- Lurah RAKSA WIKRAMA ( Tahun 1910 – 1940 )
- Lurah SOLEHAN ( Tahun 1940 – 1945 )
- Lurah MADSUHARJO ( Tahun 1945 – 1950 )
- Lurah SANMUHAR ( Tahun 1950 – 1980 )
- Lurah D. SUNARYO ( Tahun 1981 – 1990 )
- Lurah RASMAN ( Tahun 1990 – 2007 )
- Lurah RUSLAN ( Tahun 2007 s/d saat ini )
Lambang Kabupaten Cilacap
Peta Wilayah Kabupaten Cilacap
Silsilah Kepala Desa
Berikut silsilah Kepala Desa Bener mulai dari
Tahun 1905 sampai dengan sekarang
RAKSA MANGGALA (KI BUBAR)
(1905-1910)
RAKSA WIKRAMA
(1910-1940)
SOLEHAN
(1940-1945)
MAD SUHARJO
(1945-1950)
SAN MUHAR
(1950-1980)
D. SUNARYO
(1980-1990)
RASMAN
(1990-2007)
RUSLAN
(2007-Sekarang)